Seattle, Gatra.com- Memukau, kisah asal-usul SARS-CoV-2, virus corona yang bertanggung jawab atas hampir 3,9 juta kematian di seluruh dunia. Sebagian besar terhambat oleh kurangnya akses ke informasi dari China tempat kasus pertama kali muncul. Live Science, 24/6.

Sekarang, seorang peneliti di Seattle telah menggali file yang dihapus dari Google Cloud yang mengungkapkan 13 urutan genetik parsial untuk beberapa kasus awal COVID-19 di Wuhan, Carl Zimmer melaporkan untuk The New York Times.

Urutan tidak menunjukkan skala menuju atau menjauh dari salah satu dari banyak teori tentang bagaimana SARS-CoV-2 muncul - mereka tidak menyarankan virus bocor dari laboratorium keamanan tinggi di Wuhan, juga tidak menyarankan penyebab alami. Tetapi mereka menegaskan gagasan bahwa virus covid beredar lebih awal dari wabah besar pertama di pasar makanan laut.

Untuk menentukan dengan tepat bagaimana dan dari mana virus itu berasal, para ilmuwan perlu menemukan apa yang disebut virus progenitor, yang darinya semua strain lain diturunkan. Hingga saat ini, urutan paling awal terutama adalah sampel dari kasus di Pasar Makanan Laut Huanan di Wuhan, yang awalnya dianggap sebagai tempat pertama kali virus corona muncul pada akhir Desember 2019. Namun, kasus dari awal Desember dan sejauh ini November 2019 tidak memiliki hubungan dengan pasar itu. Temuan menunjukkan pada awal pandemi virus muncul dari tempat lain.

Ada satu masalah yang mengganggu dengan urutan genetik pertama itu. Kasus-kasus dari kasus yang ditemukan di pasar termasuk tiga mutasi yang hilang dalam sampel virus dari kasus yang muncul beberapa minggu kemudian di luar pasar. Virus yang kehilangan ketiga mutasi itu lebih cocok dengan virus corona yang ditemukan pada kelelawar tapal kuda. Para ilmuwan relatif yakin bahwa virus corona baru entah bagaimana muncul dari kelelawar, jadi masuk akal untuk berasumsi bahwa nenek moyang juga akan kehilangan mutasi tersebut.

Dan sekarang, Jesse Bloom dari Howard Hughes Medical Institute di Seattle telah menemukan urutan yang dihapus - kemungkinan beberapa sampel paling awal - juga tidak memiliki mutasi tersebut. (Bloom adalah penulis utama dalam sebuah surat yang diterbitkan pada bulan Mei di jurnal Science yang mendesak penyelidikan yang tidak memihak tentang asal-usul virus corona, Live Science melaporkan.)

"Mereka tiga langkah lebih mirip dengan virus corona kelelawar daripada virus dari pasar ikan Huanan," kata Bloom kepada The New York Times. Data baru ini mengisyaratkan bahwa virus itu beredar di Wuhan jauh sebelum muncul di pasar makanan laut, kata Bloom.

"Fakta ini menunjukkan bahwa urutan pasar, yang merupakan fokus utama epidemiologi genom dalam laporan bersama WHO-China ... tidak mewakili virus yang beredar di Wuhan pada akhir Desember 2019 dan awal Januari 2020, " tulis Bloom dalam makalahnya yang diunggah 22 Juni ke database pracetak bioRxiv .

Menurut Zimmer, sekitar setahun yang lalu 241 urutan genetik dari pasien virus corona telah hilang dari database online bernama Sequence Read Archive yang dikelola oleh National Institutes of Health (NIH).

Bloom memperhatikan urutan yang hilang ketika dia menemukan spreadsheet dalam sebuah penelitian yang diterbitkan pada Mei 2020 di jurnal PeerJ di mana penulis mencantumkan 241 urutan genetik SARS-CoV-2 hingga akhir Maret 2020; urutannya adalah bagian dari proyek Universitas Wuhan yang disebut PRJNA612766 dan diduga diunggah ke Arsip Baca Urutan. Dia mencari database arsip untuk urutan dan mendapat pesan "Tidak ada item yang ditemukan," tulis Bloom di makalah bioRxiv, yang belum ditinjau oleh rekan sejawat.

Penyelidikannya mengungkapkan bahwa urutan yang dihapus telah dikumpulkan oleh Aisu Fu dan Rumah Sakit Renmin Universitas Wuhan, dan pracetak penelitian yang diterbitkan dari urutan tersebut (disebut sebagai Wang et al. 2020) menunjukkan bahwa mereka berasal dari sampel usap hidung dari pasien rawat jalan dengan suspek COVID-19 di awal epidemi.

Bloom tidak dapat menemukan penjelasan mengapa urutan telah dihapus, dan emailnya ke kedua penulis terkait untuk menanyakan tidak mendapat tanggapan.

"Tidak ada alasan ilmiah yang masuk akal untuk penghapusan: urutannya sangat sesuai dengan sampel yang dijelaskan dalam Wang et al. (2020a,b)," tulis Bloom dalam bioRxiv. "Tidak ada koreksi pada makalah tersebut, makalah tersebut menyatakan persetujuan subyek manusia telah diperoleh, dan pengurutan tidak menunjukkan bukti plasmid atau kontaminasi sampel ke sampel. Oleh karena itu, tampaknya urutan tersebut dihapus untuk mengaburkan keberadaan mereka."

Bloom mencatat beberapa keterbatasan pada penelitiannya, terutama bahwa urutannya hanya sebagian dan tidak menyertakan informasi untuk memberikan tanggal atau tempat pengumpulan yang jelas - informasi penting untuk melacak virus kembali ke asalnya.

Terlepas dari itu, Bloom berpikir bahwa melihat lebih dalam pada data yang diarsipkan dari NIH dan organisasi lain — dan menyatukan urutannya — dapat membantu memberikan gambaran yang lebih jelas tentang asal dan penyebaran awal SARS-CoV-2, semuanya tanpa perlu studi lapangan di China.